Arlequin(遗传学分析软件)是一款专业的人类遗传学数据分析软件，这款软件主要为从事医学、生物学研究的用户设计，对遗传学有兴趣的用户可以通过软件对统计数据中信息的挖掘，可进行AMOVA计算、中性检验、错配分布等
基本简介
Arlequin是一款专业的人类遗传学数据分析软件，这款软件主要为从事医学、生物学研究的用户设计，可以从遗传学和人口统计学数据中中挖掘信息，例如：大量的分子序列数据和传统的等基因频率，并提供了很多的方法和统计学检验，能够满足用户多种遗传学分析方便的需求！集成了单倍型频率估计、Tajima中性检验、Fu中性检验以及遗传距离的估计等功能。这样就能够准确有效的对人类遗传学数据进行挖掘。还在等什么，对遗传学有兴趣的用户可以通过软件对统计数据中信息的挖掘，可进行AMOVA计算、中性检验、错配分布等。
软件特色
1.Molecular diversity(分子多态性)；
2.Mismatch distribution(错配分布)；
3.Haplotype frequency estimation(单倍型频率估计)；
4.Linkage disequilibrium(连锁不平衡：检测不同位点上等位基因的非随机关联)；
5.Hardy-Weinberg equilibrium(哈温—伯格平衡)；
6.Tajima`s neutrality test(Tajima中性检验)；
7.Fu`s neutrality test(Fu中性检验)；
8.Ewens-watterson neutrality test(Ewens-watterson中性检验)；
9.Chakraborty`s amalgamation test (Chakraborty`s 融合检验，检测人群的均一性或同质性和中性选择等)；
10.Minimu Spanning Network(最小扩张树或称之为最小支撑树,，基于分子差异)；
11.AMOVA 分子差异度分析，用以评测人群的遗传结构；
12.Pairwise genetic distances (遗传距离的估计)；
13.Exact test of population differentiation (检测随机交配群体单倍型的非随机分布)；
14.Assignment test of genotype (通过估计等位基因频率将单个基因型分配到特定的人群中)；
更新日志
1.直接从DNA序列数据计算位点频谱，但仅基于次要等位基因频谱的SFS计算。
2.无法打开批处理（.arb）文件。
3.当（假设祖先等位基因0）在一个站点不存在时，SFS计算不良。
4.由arlequin和fastsimcoal2生产的不同SFS（主要用于基于MAF的SFS）。
5.如果文件名超过255个字符，则会出错。
6.在arlequin日志文件中没有提到SFS计算。
